動畫納米核心第二季全集是一部國產3D大作《納米核心》的第二部作品，故事的舞臺設立在一個架空的星球——元星。在這顆年輕的星球上，人類對未知的憧憬從來不會隨著理性或者恐懼而止步，在一次次的進化與變革中，人類不斷挑戰造物主的行為終于導致了矛盾的激化。 為各自理想而爭斗的人們，以信仰代替筆墨，將和平時代劃上句點的同時也點燃了星球的怒火，導致紫霧危機爆發。在人類面臨生存危機的時刻，精英階層所開展的n.s.p.計劃卻一度受挫，直到在“納米核心”的介入下迎來“他”的誕生。 這個本該是被精英階層看做人類兵器未來進化方向的存在，卻掙脫了自己命運的枷鎖..