17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅“那一天”的集體照上。隨后他騎上自行車出門，奔向那片初夏的青空。不久，鍬形蟲獸出現在人類世界，并開始進行破壞。亞古獸重新出現，并和伙伴們戰勝了3只鍬形蟲獸。原來數碼世界的數碼寶貝被感染，在人類世界尋找望月芽心和她的數碼寶貝。 現在，冒險再度開始....