「光明之心」的故事始于某一天，一位神秘少女輝夜在溫達利亞島的海岸上被男主角里克發現，其后更發現她的記憶和感情均已失去，而通過與島上居民進行心靈交流，輝夜也一點點地取回了感情。與此同時，本身和平的溫達利亞島卻引來了大量的海賊，原來這些海賊的目的都是想拿走輝夜頸上戴著的靈石。為了幫輝夜取回她的記憶和感情，同時也為了再次恢復溫達利亞的和平，同樣因為某種原因漂流到了溫達利亞，并在島上的魔法面包屋工作和生活著的里克，決定與一同在面包屋工作的三位女主角蕾麗絲、艾亞麗及亞米露一同展開冒險之旅。